Основан великим князем Иваном III с именем Спаса Нового в 1490 году на Васильевском стане. В 1494 году здесь уже был построен первый каменный Спасо-Преображенский собор. Новоспасский монастырь начал пользоваться царской благосклонностью и приобретать современный облик после прихода к власти династии Романовых, чья родовая усыпальница издавна находилась в обители.